发天子旗牌，准孙传庭便宜行事。
五月，孙传庭艰难招募了六千名五司京察官员后，便开启了浩浩荡荡的京察行动。
他从北京开始着手，这与前几次的京察不一样。
此前的京察是从下往上查，而孙传庭却从上往下查，并且先拿宫廷动手。
对此，孙传庭与朱翊釴交代出自己的想法。
孙传庭认为，内廷之中的太监贪婪成性，并且时常泄露消息给外廷之人，所以京察必须先从内廷太监宫女动手，其次便是对在京勋臣文官动手。
只要在京官员倒下，地方上的官员就没有了靠山，而陛下已经通过提高军饷和兵马司俸禄积攒了民心，哪怕地方有叛乱，也很难形成气候，随时了镇压。
孙传庭的想法很危险，但朱翊釴却认为很有道理，故此批准了他由上到下的京察思想。
五月二十四日，孙传庭正式开展京察。
仅一个半月时间，便有内廷太监大小七百多名被京察招供，吐出赃款二千四百二十六万两。
得知消息，朱翊釴震怒不已，在下旨处死这群太监后，竟气郁不豫，一病不起。
倒下前，朱翊釴令皇太子朱常清监国，并让朱常清继续支持孙传庭京察。
百官闻言，随即开始向朱常清弹劾孙传庭，然而朱常清却反问：“传庭何罪有？”
显然，朱常清也是个明白人，他清楚不解决吏治问题，赈灾的事情就无从说起，不管发下去多少钱粮，最终还是会落入贪官污吏的口袋。
正因为有了他的支持，孙传庭信心大增，随即开展京官及勋臣的京察。
九月十八日，孙传庭上奏曹国公李怀玉，成国公朱纯成、殿阁大学士张缙彦、陈演等勋臣文官二千七百六十五人皆有受贿罪行，并移交罪证于乾清宫。
彼时在京勋臣文官不过九千六百余人，孙传庭不过查了四个月，便查出如此多贪腐之人，这令朱翊釴震怒之下呕血不止，令孙传庭依法办案。
九月十九日，孙传庭与锦衣卫指挥使胡能率燕山卫、吉林卫对在京涉事官员展开缉捕。
十月初九，贵州都指挥使王崇明举兵叛乱，邀天下共讨孙传庭，以清君侧。
十月十五，老挝都指挥使李邦彦响应王崇明。
十月二十二，北洲卫王朱载堼起兵靖难，以清君侧。
一时间，西南及北洲狼烟四起，朱常清令各地都司兵马进行平