经过“唷唷唷喔区”时，零一几人帮君莎小姐找到了失踪的小孩和帮乔伊小姐解救了沉睡中的神奇宝贝，而小霞也在这一次事件中，收服到鸭神——呆萌可达鸭。
经过美容街时，零一几人遇到了连续三年美容街饲育家比赛的冠军得主，获得神奇宝贝训练家联盟的认定，神奇宝贝之友杂志读者票选最受欢迎的饲育家，连续四年拿到第一名的超级优秀的饲育家——小雪，帮助她打退了火箭队创办的美容店后，小刚得到了被小雪拜托培育的六尾。
紧接着零一几人受“爱美”之邀参加了神奇宝贝格斗技的大庆典，然后以小智的火爆猴赢得P1大奖，最后小智把火爆猴交于爱美父亲照顾而结束。
经历了这一系列的事件，几人终于抵达了看起来有些破败的城市——黑云市。
“这个地方工厂林立，可是怎么看起来冷冷清清的。”小智疑惑的看向四周。
“这里是黑云市，听说这里以前因为到处是工厂所以很繁华。”零一解释道。“不过也因为这个原因，所以天空和大海都受到污染又没落起来。”
“看来不太可能有神奇宝贝存在。”小黎看着四周有些乌烟瘴气的城市嘀咕道。
“皮卡～”皮卡丘忽然面色潮红，不对劲的叫了一声。
“小智，带皮卡丘去神奇宝贝中心。”零一眼神微眯，说道。
“有人在吗？”小智手戴粉红塑胶手套，用力按着神奇宝贝中心前台的按铃。“有没有人在啊？”
“真受不了耶，你不知道现在几点钟了吗？”只见乔伊小姐打着哈欠走了出来。
零一趁小智几人与乔伊小姐交谈时走到公共电话区，然后拨通了大木博士的电话。“喂，不好意思啊，大木博士，这么晚还找你。”
“啊？没事没事，零一，是出什么事了吗？”大木博士穿着妙蛙种子图案的睡衣，打着哈欠问道。
“没有，就是想暂时增加携带神奇宝贝的数量。”零一想了想，继续说道。“你把毒刺水母传给我吧。”
“嗯……毒刺水母嘛……”大木博士撑着下巴看了看身后的神奇宝贝球柜，然后走到里面拿出一枚神奇宝贝球。“你这只毒刺水母还真是巨大，幸亏我事先查询了它的资料，要不然我这座研究所都得废掉。”
零一不好意思地挠了挠头，然后又听见大木博士说：“你这只毒刺水母会的技能很多，不仅会水系，冰系，毒系，超能系，一般系技能，就连草系和妖精系都会。”
零一略微挑了挑眉，显然她也没想到这只毒刺水母会这么多种技能，继而她笑道。“是吗？看来我又捡到宝了，不过大木博士，我马上会传送一只你极为喜欢的神奇宝贝过去，我相信见到它时你会激动坏的。”
“哈哈哈……那