他升任兵部右侍郎，仍巡抚云南。
在云南期间，他弹劾黔国公沐昌祚侵占民田八千余顷桉，后督两广军务兼巡抚广东，加右都御史，积极加强边防，防止安南的后黎朝侵犯。
并在就任期间主持修复南海、三水、高要等邑被洪水所毁圩岸。
万历末年，齐、浙、楚三党争权，官员的任免升降，吏部不能作主，万历便让他出任吏部尚书。
果然、在他出任吏部尚书后，用人唯才，罢斥朋党之首及奸邪，使得朝局稍微改善。
朱由校对他的映像很深，只因为万历曾经指着周嘉谟的奏疏对朱由校说过，此人可用。
因此、眼下朱由校需要周嘉谟帮自己的忙。
看着周嘉谟、朱由校语气平澹道：
“周尚书，你以为此桉应该如何？”
“回万岁”周嘉谟虽然年老，但依旧中气十足。
他对着朱由校持着笏板回礼道：
“应该交由都察院审查，随后都察院将证据交由刑部和大理寺会审。”
“三司会审后，由两京十三省的各省都察院御史票拟，选出三司所定的官员罪行。”
“在判定之后，三司再将需要罢免的官员名录递交吏部，由吏部查阅确认无误后递交内阁，内阁批阅后送入乾清宫。”
“待司礼监批红，再送往万岁查阅，最后万岁确认无碍后送往吏科，吏科确认无误后立即执行。”
事情出现了变化，变化便在朱由校这里。
眼下的局面、只要朱由校点头，事情就能平安渡过，权力成功交接。
但是朱由校并不只希望改变这么一点的局面，经过朱由检的点醒，以及手下有兵权的甜头后，他正在摸索出一条不同于前世历史上的道路。
有一个不会篡位的弟弟帮他掌兵，这就代表他能做的事情更多。
而眼下、他需要做的就是扩大皇权。
“周尚书说的很对，诸位居然不知？”朱由校在周嘉谟说完后，冷着脸说出这句话，随后便将目光放到了左都御史张问达身上。
“张问达！”
“臣在”无党派的张问达缓缓回礼，而朱由校在之后说道：
“刚才给事中姚宗文所说人名，南直隶由你亲自前往调查。”
“再命杨涟前往山东巡查，左光斗前往湖广巡查，御史顾天峻前往浙江巡查。”
“所有