共计十二大罪，群臣复议。
帝震怒，责令锦衣卫会同三司严查。
这五人，乃是魏忠贤党羽，号称“五虎”，此时魏忠贤正在江南四处抄家灭族，掀起腥风血雨。阉党群龙无首，根本无法抵抗这风向突变，铺天盖地而来的压力。
九月初三，“五虎”罪名核实，被判抄没家产，斩立决。
五虎覆灭，群臣振奋不已，接下来一段时日，朝中弹劾魏忠贤之声一浪高过一浪，但均被皇帝压下。
九月初九，绍兴贡生钱嘉征上疏劾魏忠贤十大罪状，称其“罄南山之竹，不足书其奸状，决东海之波，难洗其罪恶”。
帝震怒：“贼子焉敢害我贤臣？”
遂下令夺了钱嘉征功名，将其驱逐出京，永不叙用。
经此一事，群臣不再弹劾魏忠贤，而是开始挤压阉党在朝堂中的生存空间。
凡是弹劾厂卫中人，皇帝一概留中不发，唯有阉党在朝堂为官者，皇帝才会理会。一来二去，群臣摸清了皇帝的心思，于是到了九月底，魏忠贤在朝堂和军中辛辛苦苦建立起来的阉党势力，被彻底拔除。
但他东厂根基，却丝毫未动。
十月初一，帝选丁白缨为后。
十月初九，江南民变，帝启用孙传庭，派其弹压民乱，安抚江南。
十一月十五，魏忠贤归京，押送抄家缴没所得白银一千六百万两，古玩珍宝多不胜数。
十一月十六，帝训斥魏忠贤办事不利，已至激起民变，免其爵位，罚俸一年，责令其思过悔罪。并杀王体乾以谢江南，以安民心。
十一月二十三，帝擢升孙传庭为江南总督。
此时，朝堂之上已形成浙党、楚党、吴党等多方势力角逐之局面，锦衣卫和东厂彻底分离开来，锦衣卫指挥佥事裴纶当场训斥魏忠贤之举，亦传遍天下。
但这并不代表着魏忠贤自此失势，东厂依然是一个庞然大物，只是东厂的势力，从朝堂和边军中，彻底缩了回来。
十二月初五，帝大婚，丁白缨封后。
崇祯元年一月，内阁次辅徐光启进献《农政全书》及《火攻要略》《制火药法》等著述，并进献甘薯，帝如获至宝，大悦。命其全力督造火炮之事，启用大批外国传教士入火器铸造局为大匠，不吝重银赏赐。并命户部在陕西、山东一带，推广甘薯种植。
同月，丁后有孕，帝开恩科，广取天下士。
五月，陕西全境灾荒不断，发生了严重的干旱