因朱翊钧时间有限，因此内廷行走大臣陈矩从侍从室选出数人，按照朱翊钧的意见，配合张鲸等起草、制定规章制度。
此次整改，将内府工商集团自上而下作出兴革。首先在侍从室设立计财处，专门为皇帝理财。计财处内设人事科、资产管理科、运营科、监察科、综合机要科，共有一百六十人。
整个计财处由张鲸掌总，类似于后世的国资委，但是比国资委权责小得多，只负责全国的皇厂、盐场、皇店等皇家产业。
明确管理机构以后，朱翊钧将整个集团拆分，成立钢铁管理集团，下辖所有钢铁厂；成立玻璃总厂，下设分厂等等。
这些分厂全部建立健全独立自负盈亏的财务制度，按照计财处的统一规划调整生产。同时加强计财处监察力量，强化财务和反腐败监督。
朱翊钧殚精竭虑，将后世公司的管理手段尽可能的因地制宜，放在大明朝使用。由于本时空此际无法做到长距离的信息沟通，因此除了设立分厂之外，还将设置在各采矿、收集物资等处的原料提供方也进行分离，财务独立后，试行自由竞争。
朱翊钧深知，即使在二十一世纪，大国企的绩效和民营比起来也无法竞争。因此，他还是将大部分精力投入到技术升级之上，现阶段，只能用领先几步的技术手段来引领万历朝的工业化。
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除了厘清现有的皇厂皇店体系，朱翊钧另外对武器生产也投注大量精力。
万历四年春天立下击灭董秃子首功的，还不是咬住了董秃子主力的女真骑兵队，而是一千二百装备了前装燧发滑膛枪的蓟镇龙骑兵。经过三年多的努力，包括纸壳定装药在内的鸟铳升级版终于定型生产，第一批产品就交给了蓟镇。
明代的火器在宋、元发展的基础上，跃升了一个大台阶。基本上和西方保持同等进步速度。隆庆年间，火器已居明军装备之半数。戚继光的部队，火器配比达到了惊人的六成半。
而且以神机营为代表的火器部队，标志着整个明军的战略、战术都围绕着火器展开了变革。而戚继光所言“有精兵而无精器助之，是为徒强”以及他对火器的高度重视，开发出来的各类战法，都说明此际的中国和西方国家相比，火器的发展并未落后，甚至可以说并驾齐驱。
但因为没有理论指导，明代火器的发展也呈现百花齐放，威力不足的特点。
朱翊钧穿越过来以后，很快指出了火器发展的问题，将三眼铳、一窝蜂、喷火箭等火器制造一律裁撤，以鸟铳为本，专攻火药制取、铳管材质、定装火药、燧发、后装等方向。
关于大炮的改进方向，朱翊钧指导兵仗局，从火炮用药、炮子和炮管材质以及气密性上下功夫，