随着冯保在内廷影响力的消退，张居正会同葛守礼、朱希孝、陈矩等朝廷大员，就王大臣案终于有了会审结果。
朱翊钧当时并未掌权，等他将王大臣转至锦衣卫关押时已经晚了，王大臣被喂了哑药，后续究问已经难以进行。
张居正在获得李太后和朱翊钧首肯后，在正式奏章中，对本案的关键人物冯保家奴辛儒的失踪隐去不奏。只奏说王大臣身怀利刃，直入宫廷，谋拟之心已昭，结案并判斩首。
张居正在奏章中说：“宫廷之内，侍卫严谨，若非平素曾行之人，岂能直面君上。”又说：“望皇上敕下司礼监官，遵照律令严行申饬，有犯令者，必罪勿贷。”
司礼监批红道：“如卿等议行。着司礼监众官严实宫禁。若有不按祖宗律令，懈怠慢法者，查实究罪。”
朱翊钧则另起一行写到：“京畿首善之区，必政肃风清，乃可使四方观化。”
“朕近览锦衣卫奏报，经年以来，京师人心怠玩、法纪废弛，置四方无籍之人潜藏，不法之徒多有。称“大侠”者，以武犯禁，却多称善者而官府不问；称“会首”者，团聚群氓，断讼理事，宛然县官也！”
“着兵部都察院并辑事衙门督率巡捕、巡视、顺天府等官，施行严打。京师地面，流氓、地痞乃至城狐社鼠之流，一体缉拿，都问罪究治。严打期间，有以权涉法，干预讼事的，刑部必举都察院查实奏来。各部府官再有懈怠嘻玩，误公事者，也都一体治罪不饶。”
旨意颁下，兵部和顺天府都上了谢罪奏章。朱翊钧请示了李太后之后才批到：“知道了，且戴罪图功。”
随着诏旨颁行，兵部、刑部、顺天府和大兴、宛平等二十余县投入到热火朝天的严打行动之中。一时之间，旧案翻起，新案穷追，触目惊心。京师地面的“扛把子”、“混街龙”纷纷偃旗息鼓，锦衣卫、东厂等珰头也趁机拉拢人才，扩充势力。
不到两个月，严打成效斐然，那没大背景还敢作恶的或有大背景但罪大恶极的抓了不少，各监狱人满为患，京师地面为之一靖。
大理寺诸官见案件卷宗堆积如山，不免各处诉苦。一次张居正在皇帝日讲时，把大理寺的诉苦当颂圣的话儿讲了。朱翊钧写了六个字给张老先生道：“让大理寺按这原则审。”
张居正见纸条上写：“从严、从重、从快”，苦笑道：“难免冤狱也。”
朱翊钧道：“不然，可以试行民意决狱。将那人犯都绑了游街，被唾骂者多的，重判。同情善待者多的，远流。”
张居正听了心中一震，他伺候三朝帝王，最近这五六年，更能常近天颜。可是从隆庆帝身上，却从未如此明显的体会到帝王和臣子之间的思路差异。
从朱翊钧